เนื่องจากตลาดมีนบุรีอยู่ติดทั้งคลอง

แสนแสบเป็นคลองที่ยาวที่สุดในประเทศไทย

จึงมีท่าเรือ สำหรับผู้โดยสารที่เดินทางมาทางน้ำ

มาจับจ่าย ได้สะดวก ซึ่งมีทั้งท่าเรือ

ของเอกชนและของรัฐและกำลังทำเป็นตลาดน้ำมีนบุรี

  เส้นทางเดินเรือหางยาวในคลองสามวา เริ่มต้น จากท่าเรือบริเวณใต้สะพาน ข้ามคลองสามวา ผ่านสถานที่ต่างๆ บริเวณคลอง เช่น โลตัส - มีนบุรี - หมู่บ้านพนาสนธ์2,3 - วัดบัวแก้ว - วัดสุทธิสะอาด ปลายทางสิ้นสุดที่ ถนนหทัยมิตร(ฝายทดน้ำ ของกรุงเทพฯ) ซึ่งเป็นถนนที่เชื่อมระหว่าง ถนนนิมิตใหม่กับหทัยราษฎร์ ซึ่งราคาตลอดทั้งสาย 10 บาท     เส้นทางเดินเรือในคลองสองต้นนุ่น เริ่มจากท่าเรือใน คลองแสนแสบบริเวณตลาดมีนบุรี1(ตลาดเก่า) เลี้ยวเข้าสู่คลองสองต้นนุ่น ผ่าน มหาวิทยาลัยเกษมบัณฑิต มัสยิดนูรู้ลฮูดา – วัดปากบึง -  ถนนทางเข้าชุมชนเคหะร่มเกล้า รวมทั้งหมู่บ้านต่างๆ เช่น หมู่บ้านรุ่งกิจวิลล่า , หมู่บ้านรุ้งนภาเพลส รวมทั้งผ่านคลองต่างๆ เพื่อเชื่อมต่อการเดินทางไปยังสถานที่อื่น เช่น ผ่านคลองบึงขวาง -  คลองตานวย – คลองลำนายโส – คลองบางชัน สิ้นสุดที่คลองประเวศบุรีรมย์ แต่สามรถต่อเรือไปยังสถานที่ต่างๆอีกมากมาย ซึ่งส่วนมากจะเป็นการเช่าแบบเหมาลำ นำนักท่องเที่ยวล่องไปตามลำคลอง เพื่อชมทัศนียภาพ ริมสองฝั่งซึ่งบางส่วนยังมีการดำเนินชีวิตตามวิถีชนบท แบบดั้งเดิม เช่น การทำสวน เลี้ยงสัตว์ ทำนาข้าว เป็นต้น